EDT permet d'affecter automatiquement les élèves aux groupes de spécialités, peut-on quand même affecter les élèves manuellement ?

C'est possible, à condition de supprimer les liens générés automatiquement entre les parties de classe si vous avez laissé EDT générer les groupes, car ces liens deviennent bloquants lors d'une affectation manuelle : dans l'affichage Emploi du temps > Classes > Liste, lancez la commande du menu Éditer > Supprimer les liens facultatifs.

Ajoutez ensuite les élèves dans l'affichage Emploi du temps > Groupes > Élèves comme pour n'importe quel groupe : sélectionnez un groupe à gauche, et cliquez à droite sur la ligne Ajouter un élève.