Puis-je retirer ou supprimer une séance d'un cours complexe tout en gardant les autres séances alignées ?

Oui. Dans l'affichage Emploi du temps > Cours > Liste, double-cliquez sur le cours complexe ; dans la liste Séances d'enseignement de la fenêtre qui s'affiche, sélectionnez la séance concernée, faites un clic droit,puis cliquez sur la commande Transformer en cours simple et indépendant.